Bifidobacterium gali efektyviai slopinti bendrą sugadinimą ir žemą - temperatūros bakterijas. Jo antibakterinis poveikis daugiausia atsiranda dėl mitybos ir sukibimo vietų konkurencijos, antibakterinių medžiagų gamybos ir kūno imuniteto stiprinimo. Tai daro įtaką žarnyno patogeninių bakterijų adhezijai ir dauginimui. Į antagonizmą ir blokuojant ligos patogenezę. Bifidobakterijų gamybos antibakterinės medžiagos daugiausia yra organinės rūgštys, bakteriocinai, bakteriocinai ir kitos antibakterinės medžiagos.
Lakiai trumpi - grandinės riebalų rūgštys, tokios kaip pieno pieno rūgštis ir acto rūgštis, kurios yra bifidobakterijų metabolitai, padidina vandenilio jonų koncentraciją aplinkoje, tai yra didesnė nei vandenilio jonų koncentracija patogeninių bakterijų ląstelėse. Vandenilio jonai prasiskverbia į patogeninių bakterijų ląsteles, kad jas sukonfigūruotų citoplazma, daro įtaką jo augimui ir net inaktyvuoja patogenines bakterijas, kad būtų pasiektas antibakterinis poveikis.
Tyrimai parodė, kad bifidobakterijų fermentacijos sultinys turi akivaizdų antibakterinį poveikį in vitro, o žema pH yra svarbi jo antibakterinio poveikio sąlyga. Be to, kai kurios bifidobakterijos gali metabolizuoti, kad gautų baltymų, sintezuotų ribosomų, turinčių antibakterinį poveikį, vadinamą bakteriniais toksinais, kurie gali slopinti kitų patogeninių bakterijų augimą.